Com a Proclamação da República em 1889, as instituições oficiais de educação foram alteradas e as leis que regiam o ensino na antiga Província foram reformadas pelo Governo Provisório no Estado da Bahia.

Em 1890, com o regulamento elaborado pelo baiano Satyro Dias, o Conselho Superior de Ensino foi organizado e as escolas normais foram substituídas pelo Instituto Normal da Bahia. No início do século XX, nos municípios de Barra e Caetité, duraram até 1903 duas escolas normais de mesma linha organizacional e o Instituto Normal passou a ser chamado de Escola Normal.

Algumas importantes instituições de ensino foram inauguradas ainda no século XIX como a Faculdade de Direito da Bahia em 1891, oInstituto Geográfico e Histórico da Bahia em 1894, a Escola Politécnica e o Conservatório de Música em 1897.

A partir de 1918, o ensino público foi dividido em Ensino Primário, ministrado em escolas isoladas ou em grupos escolares, e Ensino Secundário, ministrado no Ginásio da Bahia.